発掘調査によって下野薬師寺には、二つの塔があったことがわかりました。 最初の塔は、7世紀末に建てられましたが、9世紀に落雷で焼失してしまいました。塔が焼けた時の瓦が西回廊の南側で見つかっています。 お寺の東側の塔は、最初の塔が焼失した後に再建されたものであることがわかりました。 二つの塔は、基壇（きだん）の大きさから、高さ30メートルほどの五重塔であったと考えられます。
